39周剖宫产和40周剖宫产的区别是39周一般是择期剖宫产，40周剖宫产有可能会出现急诊剖宫产的可能。因为择期剖宫产是选择39周剖宫产终止妊娠，因为39周之后出生的新生儿属于正常足月新生儿，存活能力较好，并发症较少，不需要转新生儿科治疗。

如果在39周之后到40周之间出现腹痛、阴道流水、阴道流血等情况需要急诊入院，有可能选择急诊剖宫产终止妊娠。

40周左右剖宫产的新生儿也属于正常足月新生儿，但是有可能因为先兆临产入院，要选择急诊剖宫产，一般剖宫产建议选择择期剖宫产，避免急诊剖宫产。